Ogni singola Chiesa di Scientology costituisce un ente giuridico a sé stante ed è diretta dal proprio consiglio direttivo. I funzionari ed i direttori costituiscono la direzione ecclesiastica della Chiesa e sono completamente responsabili dei servizi offerti ai propri parrocchiani.
La Chiesa di Scientology Internazionale (CSI) è la chiesa madre della religione di Scientology e ha sede a Los Angeles. La CSI sovrintende alle attività ecclesiastiche di tutte le chiese, delle associazioni e dei gruppi di Scientology nel mondo e si assicura che ogni chiesa sia guidata nel proprio ministero. La CSI offre inoltre la pianificazione generale e la direzione necessaria a sostenere la crescita internazionale della Chiesa.